Sejalan dengan amanat UU Sisdiknas  no 20 tahun 2003 dan  dalam rangka menyiapkan generasi emas Indonesia tahun 2045, pembelajaran harus sesuai dengan perkembangan kebutuhan abad 21, yakni peningkatan kompetensi lulusan melalui kegiatan pembelajaran yang mengembangkan kemampuan literasi, kemampuan berpikir kritis, kreatif, berkomunikatif dan kolaboratif dan mengembangkan pendidikan karakter. Salah satu kegiatan pembelajaran yang sesuai adalah penelitian ilmiah/riset atau kelompok ilmiah remaja (KIR).

Berangkat dari pemikiran tersebut, maka MAN 1 Kudus sebagai bagian dari lembaga pendidikan yang diamanatkan untuk mendidik putra-putri bangsa dengan sebaik-baiknya bertekad untuk tampil sebagai Madrasah yang memiliki kualifikasi handal yang memiliki keunggulan komparatif maupun kompetitif. Sebagai upaya untuk mewujudkan Madrasah yang memiliki keunggulan yang khas, maka Madrasah Aliyah Negeri 1 Kudus sangat termotivasi untuk meningkatkan mutu madrasah melalui program unggulan riset.

Madrasah riset adalah madrasah yang memiliki keunggulan kompetitif di bidang riset, karya inovatif atau penelitian ilmiah. Program riset  MAN 1 Kudus mulai  di buka pada tahun ajaran 2018/2019 diikuti peserta didik sejumlah dua rombongan belajar. Syukur Alhamdulillah program tersebut terselenggara dengan baik, terbukti dengan banyaknya prestasi bidang riset baik yang diselenggarakan institusi/lembaga riset, serta institusi Perguruan Tinggi di Tingkat Nasional, dan juga institusi/lembaga riset di tingkat Internasional, sebagai wujud dalam meraih keunggulan di bidang Riset, serta dalam rangka mewujudkan madrasah “hebat bermartabat”.