Untuk meningkatkan pembinaan karakter religius siswa, MAN 1 Kudus mengadakan Pesantren Ramadhan 1446 H sebagai bagian dari kegiatan keagamaan di bulan suci. Kegiatan ini diikuti oleh seluruh siswa kelas X dan XI serta dibimbing oleh para ustadz berpengalaman, seperti Ustadz Abdul Jalal, Ustadz Zaky Mubarok, Ustadz Abdul Wahid, dan Ustadz Sahid Anwar, dengan pendampingan dari guru mata pelajaran PAI. Pelaksanaan kegiatan berlangsung pada 6-15 Maret 2025 di Aula MAN 1 Kudus dan mencakup berbagai agenda yang bertujuan memperdalam pemahaman keislaman serta menanamkan nilai-nilai religius dalam kehidupan sehari-hari. Selama kegiatan ini, para peserta mengikuti serangkaian ibadah seperti Sholat Dhuha berjamaah, Tadarus Al-Qur’an, serta pembelajaran Kitab Kuning yang meliputi Lubabul Hadits dan Safinatun Najah. Pesantren Ramadhan ini diakhiri dengan Sholat Dzuhur berjamaah setiap harinya. Dengan adanya program ini, diharapkan siswa MAN 1 Kudus semakin mencintai ilmu agama serta mampu mengamalkannya dalam kehidupan sehari-hari.